20 évesen feleségül vette Lori Anne Alisont, egy sminkest, akivel 1983-ban Los Angelesbe utazott. 1984-'88 között Sherilyn Fenn színésznővel járt, 1988-'89-ben Jennifer Greyjel, 1989-'93-ban Winona Ryderrel, 1994-'98-ig Kate Moss topmodellel. 1998-ban A kilencedik kapu című film forgatásán ismerkedett össze Vanessa Paradis énekes- és színésznővel, azóta is együttélnek. Vanessától született a kislánya, Lily-Rose Melody 1999. május 27.-én, és kisfia, Jack 2002-ben.

• Zöld öves volt karatéból.
• A The Brave (A halál ára) című filmet ő rendezte.
• Bárja van Los Angelesben: The Viper Room (egyik legjobb barátja, River Phoenix, a bár előtt halt meg drogtúladagolásban.)
• Tizenkét évesen kezdett el dohányozni, tizenhárom évesen vesztette el a szüzességét, és tizennégy éves korára már minden hozzáférhető kábítószert kipróbált.
• A Benny és Joon című filmben játszott karakterét Charlie Chaplinről és Buster Keatonről mintázta.
• 1994 szeptemberében letartóztatták egy szállodaszoba megrongálásáért.
• A Mielőtt leszáll az éj című filmben egyszerre alakít egy transzvesztitát és rendőrfelügyelőt.